Ученые Университета Отаго в Новой Зеландии разработали метод, который позволяет проверять роль генов бактериофагов — вирусов, заражающих бактерии. С его помощью исследователи могут определить, какие участки генома необходимы вирусу для размножения, а какие допускают изменения без потери этой способности. Результаты опубликованы 25 сентября в Nature Microbiology (NM).
Метод получил название phage Tn-seq. Ученые встраивают в разные места вирусного генома подвижный фрагмент ДНК, который может нарушить работу гена. Затем с помощью системы отбора, связанной с CRISPR, выделяют измененные бактериофаги и прочитывают их геномы. Если вирусы с изменением определенного гена продолжают размножаться, этот участок, вероятно, не обязателен для их существования в условиях опыта. Если таких вирусов не обнаруживают, ген может выполнять жизненно важную функцию.
Подход проверили на нескольких разных бактериофагах. Опыты показали, что подвижный фрагмент ДНК можно использовать и для добавления новых последовательностей. В одном из экспериментов исследователи встроили в геном вируса флуоресцентную метку, благодаря которой можно наблюдать за зараженными клетками.
Авторы рассчитывают применять метод для изучения малоизвестных генов бактериофагов и дальнейшей работы над вирусами, способными атаковать болезнетворные бактерии. Возможность такого применения еще предстоит проверить отдельно: в опубликованном исследовании ученые продемонстрировали лабораторный инструмент для изучения и изменения фагов, а не готовый способ лечения инфекций.
Комментарии 0